Jalan cerita Tongari Bōshi no Atelier

Coco seorang anak yatim kampung yang mahu ingin menjadi seorang ahli sihir sejak kecil. Namun, keluarga mereka tidak ada kebolehan asli itu dan dia dan ibunya anak beranak terpaksa menyara hidup sebagai penjahit. Pada suatu hari, Coco menyaksikan seorang lelaki misteri bernama Qifrey menggunakan pena dan buku sakti dan tertarik, dia mengadu nasib dan mahu mencubanya, Qifrey berbesar hati meminjamkan kepada Coco yang kemudiannya cuba membacakan jampi berbahaya yang tidak sengaja memukau ibunya membatu menjadi kristal.

Coco yang ketakutan pun mendapat tahu suatu kelompok penyihir yang diminta bantuan, mereka menegur Coco dan memberitahukan siapa sebenarnya Qifrey yang tidak Coco ketahui sebelum ini bahkan mengarahkan ingatannya dipadam, namun Coco merayu agar ingatannya setidaknya dikekalkan untuk menghasilkan penawar untuk ibunya. Para penyihir putih yang kasihan pun setuju dengan syarat Coco membantu mereka mencari sisa-sisa penyihir hitam yang masih hidup bahkan memasukkan Coco ke dalam sekolah sihir.